客户回扣的扣税方式主要取决于回扣的形式和操作方式，以下是几种常见的处理方式：
明扣
明扣是指企业在销售或购买商品时，以明示方式向对方提供折扣。如果销售额和折扣额在同一张销售发票上分别注明，则可以按照折扣后的销售额计算缴纳所得税。
如果企业以明示方式且能够取得对方开具的合法、有效的凭证（如发票、收据等），则这种回扣可以作为购进劳务或服务的费用进行税务处理，可以在企业所得税前扣除。
暗扣
暗扣是指在账外暗中给予对方单位或个人的一定比例的商品价款，这种行为属于贿赂支出，不得税前列支。
通过第三方平台
企业可以与比安财穗等第三方平台合作，以佣金或其他形式支出回扣金额。平台在收到服务费后，会开具相应的发票，企业可以将其作为进项税额进行抵扣。
平台具有委托代征资质，可以帮助代缴个人所得税，并提供完税证明及开具6%的增值税专票。
现金回扣
如果回扣以现金形式支付，企业应根据取得的“进货退出或索取折让证明单”作为费用处理。收到现金回扣方应冲减销售成本，如果对方开具红字发票，则应将进项税金转出。
税务筹划
对于无法取得正规发票的回扣，企业可以通过与税筹平台合作，由平台代发回扣给个人，并帮助申报个税、代扣代缴。
建议
企业在处理客户回扣时，应确保回扣形式合法、合规，并尽可能取得合法、有效的凭证，以便进行税务处理。
对于通过第三方平台处理的回扣，应选择有资质的平台，并确保合作的透明度和合规性。
对于现金回扣，应严格按照相关税法规定进行财务处理和税务申报，避免引发税务风险。