工资补发的合算方法可以分为以下几个步骤：
核对工资记录
查阅考勤表、工作任务单、劳务合同等文件，确定农民工的实际出勤天数和少发的工资天数。
结合劳务合同中约定的日工资标准，计算出每个农民工的工资差额。
如果是计件工资，核对实际完成的工作量和已结算的工作量，确定少算的工作量对应的工资。
检查是否有加班工资、绩效奖金、津贴等未足额发放的情况，如高温补贴等。
准备资金
企业自筹资金：从自有资金中安排资金用于补缴工资，或暂时压缩非必要的开支，如减少设备采购或营销费用。
外部融资：如果企业资金不足，可以向银行申请短期贷款，或凭借已有的建筑项目合同、应收账款等作为抵押物获取资金。也可以与项目发包方协商，提前支取部分工程款用于支付农民工工资。
工资发放渠道
采用现金发放时，企业要提前通知农民工领取工资的时间、地点，并在发放现场做好记录，包括农民工的签字、身份证号、领取金额等信息。最好有监督人员在场，如劳动监察部门工作人员或工会代表。
现金发放后，要妥善保存工资发放记录，以备后续检查和审计。
企业要整理好农民工的工资清单，包括姓名、身份证号、银行卡号、补缴工资金额等信息。
个人所得税计算
补发工资按照合同约定的标准计算，个人所得税需要还原至所属月份计算。
补发工资应纳税额={[（所属月份补发工资 + 原所属月份的工资薪金所得） - 费用减除额] × 适用税率 - 速算扣除数} - 原所属月份已缴纳的个人所得税。
具体的税率和速算扣除数应根据最新的个人所得税法规定和当地的具体政策确定。
遵守当地规定
各地对补发工资的税收处理可能有具体规定，企业应遵循当地的规定进行操作。
例如，有些地区可能允许将补发工资分摊到所属月份与原工资合并计算扣缴个人所得税，而有些地区则要求将补发工资全部计入发放的当月进行计算。
通过以上步骤，企业可以合理地计算和补发农民工工资，并确保符合相关法规和税务要求。