地役权应当在 不动产登记部门进行登记。具体来说，根据《中华人民共和国民法典》第三百七十四条的规定，地役权自地役权合同生效时设立，当事人要求登记的，可以向登记机构申请地役权登记；未经登记，不得对抗善意第三人。
此外，根据《土地登记办法》和《中华人民共和国土地登记法》的相关规定，地役权登记直接由国土资源行政主管部门办理即可，不需要报政府审批。供役地和需役地分属不同国土资源行政主管部门管辖的，当事人可以向负责供役地登记的国土资源行政主管部门申请地役权登记。负责供役地登记的国土资源行政主管部门完成登记后，应当通知负责需役地登记的国土资源行政主管部门，由其记载于需役地的土地登记簿。
因此，地役权登记的部门为 不动产登记部门，具体可以是县级以上人民政府国土资源行政主管部门。