包工程亏的原因可以归纳为以下几点：
回款问题：
甲方以各种理由拖延付款，导致承包商资金链紧张，同时“三角债”的存在也加剧了这一问题。
低价中标：
承包商为了急于承接项目，不惜以低价中标，这种做法虽然短期内可能争取到项目，但长期来看容易导致亏损，因为任何成本上的增加都会直接影响利润空间。
人材机价格走势判断失误：
市场变化莫测，材料价格波动较大。如果承包商不能准确预测到这些变化并及时调整策略，很容易在项目实施过程中遭遇亏损。
资源配置不合理和管理混乱：
合理的资源配置可以提高工作效率和质量水平，而混乱的管理则会导致项目进度延误、成本增加等问题。因此，承包商应建立完善的项目管理制度和流程，确保资源的合理配置和高效利用。
合伙人之间的内部矛盾：
当合伙人之间出现信任危机时，精力都放在内耗上，不再专注于项目的推进，想不亏本都难。
政策变动和总包方问题：
政府政策的调整可能导致工期延长或成本增加；而总包方的决策失误也可能对项目造成不利影响。因此，承包商应时刻关注相关政策动态并与总包方保持良好的沟通。
安全问题：
一旦发生安全事故，不仅会对人员造成伤害，还会对项目进度和声誉造成严重影响，从而增加额外支出。
环境改变和竞争加剧：
基础建设趋于饱和，工程建设正在朝其他方向转变，竞争激烈，导致利润率下滑。
精细化的市场监管：
社会对精细化要求增强，施工噪音、环境污染、工程质量和安全问题都受到严格监管，导致成本上涨。
预算不准或忽略隐形成本：
预算做的不准或忽略了很多隐形成本，如居间费、窝工、停工、返工、二次搬运费等，也会导致项目亏损。
关系不到位：
不懂得处理人情世故，导致进度不顺畅，最终收不到钱而亏损。
综上所述，包工程亏的原因多种多样，承包商需要在多个方面加强管理和风险控制，以确保项目的顺利进行和盈利。