校车被扣的原因可能包括以下几种情况：
超载乘客
驾驶员驾驶校车或其他载客汽车，载人超过核定人数的20%以上但不到50%时，将被扣除3分。
校车载人超过核定人数20%以上的一次扣12分，处二百元以上五百元以下罚款；未达20%的，一次扣6分。
违规行驶
在高速公路或城市快速路以外的道路上，驾驶员不按规定车道行驶时，会被扣除3分。
驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上不按规定车道行驶的，也会被扣除3分。
超速行驶
在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速的20%以上但不到50%时，将被扣除3分。
校车在高速公路、城市快速路上行驶超过规定时速20%以上或者在高速公路、城市快速路以外的道路上行驶超过规定时速50%以上的，一次记12分。
使用未取得校车标牌的车辆或人员
使用未取得校车标牌的车辆提供校车服务，或者使用未取得校车驾驶资格的人员驾驶校车的，由公安机关交通管理部门扣留该机动车，处1万元以上2万元以下的罚款，有违法所得的予以没收。
其他违法行为
违反交通信号灯指示通行、违反禁止标线指示、违反道路交通限速规定、驾驶机动车超过规定时速50%以下等行为，都将被扣3分。
综上所述，校车被扣的原因主要包括超载乘客、违规行驶、超速行驶、使用未取得校车标牌的车辆或人员以及其他交通违法行为。为了保障学生的安全，驾驶校车时应严格遵守交通法规，避免上述违法行为的发生。