公司扣税的方法主要涉及以下几个方面：
企业所得税
计算公式：企业所得税 = 利润总额 × 25%。
季报：企业每个季度结束后，根据当季实际利润计算并缴纳企业所得税。
增值税
小规模纳税人：增值税 = 商品销售收入（不含税）× 3%。
一般纳税人：增值税 = 商品销售收入（不含税）× 17% - 进货金额（不含税）× 17%。
其他税种
城建税：应纳增值税 + 营业税 × 7%。
教育费附加：应纳增值税 + 营业税 × 3%。
地方教育附加：应纳增值税 + 营业税 × 2%。
印花税：销售/采购合同金额 × 0.3‰。
个人所得税：企业支付给个人的工资、薪金等，需按照个人所得税法的规定扣缴个人所得税。
房产税：根据公司拥有的房产价值和适用税率计算。
车船使用税：根据公司使用的车辆、船舶的类型和规定的税额标准计算。
个人所得税扣除
起征点：个人所得税起征点为每月5000元，即收入不超过5000元免征个人所得税。
计算公式：应纳税额 = （工资薪金所得 - “五险一金” - 个税起征点）× 适用税率 - 速算扣除数。
纳税申报与缴纳
申报时间：公司需按照规定的时间表提交纳税申报表。
缴税方式：税款可以通过电子支付、银行转账等方式进行缴纳。
年度汇算清缴
核算纳税所得额：根据企业财务报表，计算企业纳税所得额。
填写纳税申报表：填写企业所得税纳税申报表，包括基本信息、所得额、应纳税额等。
申报并缴纳税款：将填好的纳税申报表交至税务局，缴纳应纳税款。
领取发票：领取税务机关出具的缴纳税款证明和发票，作为公司纳税的有效凭证。
这些步骤和公式构成了公司扣税的基本流程和方法。企业需根据自身经营情况和税务法规，按时准确地完成各项税款的计算和缴纳。