当企业的失控发票被主管税务机关查明后，需要补缴的增值税及附加税金额 根据具体情况而定。具体计算方式如下：
增值税
需要补缴的增值税金额根据失控发票的具体情况以及税务机关的核算结果而定。
如果企业能够提供有效证据证明交易的真实性，可能可以避免缴纳滞纳金，或者滞纳金的数额可能会减少。然而，如果企业无法提供有效证明，或者税务机关认定企业存在过错，那么可能需要缴纳较高的滞纳金。
附加税
附加税的计算通常基于补缴的增值税金额，包括城市维护建设税、教育费附加和地方教育附加。
滞纳金
滞纳金的征收问题在《关于金税工程增值税征管信息系统发现的涉嫌违规增值税专用发票处理问题的通知》（国税函〔2006〕969号）中并未给出明确规定，因此具体情况需根据税务机关的核算结果而定。
其他费用
如果企业被认定“失控发票”的增值税已经被抵扣，则需要补交增值税，并进行进项税转出。被抵扣的增值税对应的附加税也要一并缴纳。
如果企业无法提供有效证据证明交易的真实性，则进项税对应的进项款被作为收入征收所得税。
综上所述，企业因失控发票需要补缴的税额包括增值税、附加税和可能的滞纳金，具体金额需根据税务机关的核算结果和企业的实际情况而定。建议企业在遇到此类问题时，及时与税务机关沟通，提供相关证据，以争取减轻处罚。