当发现房贷扣款金额不足时，可以采取以下措施：
及时补充还贷资金
如果房贷还款日余额不足，应尽快补充还贷资金，避免逾期。客户只要在房贷还款日24时以前还上了贷款就不是逾期，不会对客户带来负面的影响。不过如果时间太晚的话，银行可能不会再自动扣款，需要客户手动还款。
与银行协商延期还款
如果遇到客观情况导致暂时无法还上贷款，可以尝试联系银行，说明情况申请延期还款。不过想要向银行申请延期还款，可能需要客户提前向银行申请，因为银行审批需要花费一些时间，如果客户在还款日当天再申请，在时间上面可能会来不及，银行不一定会审核的过来，可能会导致客户房贷逾期。
了解银行容差容时政策
如果银行不同意开具非恶意逾期证明，可以先查看申贷银行对于房贷还款是否有容差容时。如果有容差的话，之后再补进去就可以了。如果有容时的话，之后再补扣也不算逾期。
主动还款
用户可以继续把剩余的那部分钱存入银行卡中，系统会自动进行补扣，一直到扣满房贷应还金额为止。如果用户实在是比较着急，可以直接联系放款银行，选择主动还款。银行会提供还款账户给用户，用户转账到还款账户里也可以。
记录沟通内容
在与银行沟通时，务必记录下谈话的内容和结果，确保有据可依。这样在与银行协商时，可以更有力地证明自己的情况，争取到更有利的解决方案。
制定还款计划
根据自己的实际财务状况，评估出可以用于还款的资金，并制定一个切实可行的还款计划，包括每月的还款金额和还款期限。如果有多笔贷款，优先偿还利率较高的贷款，以减少整体的利息支出。
探索其他资金来源
在紧急情况下，可以考虑向家人或朋友寻求经济支持，帮助缓解短期的财务压力。此外，寻找兼职工作或其他收入来源，以增加可用于还款的资金。还可以考虑变卖家中闲置的物品，获取一定的资金用于还款。
申请贷款展期或重组
如果短期内无法按时还款，可以向银行申请贷款展期，即延长还款期限，以减轻每月的还款压力。在与银行协商后，如果情况允许，可以考虑贷款重组，将原有的贷款条件进行调整，以适应新的还款能力。
通过以上措施，可以有效应对房贷扣款金额不足的问题，避免逾期还款带来的不良影响。