运费发票的认证流程通常包括以下几个步骤：
准备认证材料
运输发票原件。
购货方合同原件及复印件。
购货方和销货方的单位法人营业执照原件及复印件。
提交认证材料
可以到税务局的办税大厅提交材料，或者利用税务局提供的网上办税系统进行在线提交。
税务机关审核
税务机关会对提交的材料进行审核，验证发票的真实性、合法性以及是否符合相关发票管理规定。
认证相符的清单
认证通过后，税务局会打印出一份认证相符的清单。
税额计算
对于增值税一般纳税人，可以根据运费结算单据上所列的运费金额，按照规定的扣除率计算进项税额准予扣除。
认证方式
可以选择到税务服务部门窗口认证。
使用电脑手动认证。
利用税务局提供的发票认证系统进行在线认证。
使用税务局自助机进行认证。
请注意，具体的认证流程可能因地区而异，建议根据当地税务局的规定进行操作。