小区违建的管理涉及多个部门，具体如下：
建设部门：
包括住建部门、建设行政主管部门等，负责调查和处理违章建筑，并有权责令限期拆除，同时可对相关责任人进行罚款。
规划部门：
负责城乡规划的管理，对违章建筑进行调查和处理，要求相关单位和个人进行整改。
城市管理部门：
如城管局，负责现场查处和处罚违章建筑，可依法拆除违章建筑，并对业主、物业使用人及装饰装修企业进行罚款。
物业管理部门：
负责小区内的违章建筑管理，首先应进行交涉处理，若无效则上报城建部门。
乡镇人民政府：
组织相关部门和人员进行调查询问和现场勘验，确认是否违法、违规。
城乡规划主管部门：
负责查处违法建设行为，可责令拆除违章建筑，并对业主、物业使用人及装饰装修企业进行罚款。
城市管理综合执法机关：
负责配合规划、国土部门查处违法用地和违法建设工作。
综上所述，小区违建应由 建设、规划、城市管理等相关部门联合管理，具体处理流程为：
1. 业主或物业发现违建后，首先向物业反映，由物业进行初步处理。
2. 若物业处理无果，业主或物业可向城市管理部门（如城管局）或建设部门（如住建部门）进行举报。
3. 城市管理部门或建设部门接到举报后，进行现场调查，确认违章建筑情况，并责令违建方整改。
4. 若违建方未在规定时间内整改，相关部门可依法进行拆除，并对相关责任人进行处罚。
建议业主在发现小区内有违章建筑时，及时与物业沟通，并向上一级主管部门反映，以确保问题得到有效解决。