协议能证明以下事实：
明确合作主体资格：
合作协议会详细列出参与合作的各方主体，包括名称、法定代表人或负责人等基本信息，从而确立合作的主体资格。
规定合作内容和范围：
协议中会明确合作的具体项目、业务领域、合作方式等内容，使各方对合作的方向和范畴有清晰的认知。
约定各方权利和义务：
合作协议会详细规定各方在合作过程中的权利和义务，包括一方享有哪些权利、需承担哪些责任，以及另一方相应的权利和义务，从而保障各方在合作中的合法权益。
合作期限、终止条件及违约责任：
协议还可能包括合作的期限、终止条件及违约责任等内容，为合作的顺利进行和可能出现的纠纷处理提供依据和保障。
具有法律约束力：
协议一旦签署，对当事人双方（或多方）都具有制约性，能够监督双方信守诺言、约束轻率反悔行为，具有与合同基本相同的法律效力。
可作为法律诉讼中的证据：
合同是各方达成的有效协议，能够明确体现当事人的权益和责任，其证据价值基于合同形式合理、内容详尽且签约过程符合规定等因素。
证明特定法律关系：
不同类型的协议，如离婚协议书、租赁合同、借款合同等，可以分别证明婚姻关系的解除、租赁关系的确立、借贷事实的存在等特定法律关系。
综上所述，协议作为一种具有法律效力的文件，能够证明合作主体资格、合作内容和范围、权利和义务、合作期限和条件、违约责任，并且在法律诉讼中作为证据使用，能够证明特定的法律关系。