公司门店交税的方式如下：
查账征收与定额征税
一般公司实行查账征收，即根据账目记录的收入进行申报纳税。门店可能实行定额征税，即税务机关根据门店的规模和营业额核定一定时期的税额。
自行申报与银行划款
税款缴纳需要公司或个人自行申报，然后根据三方协议，由税务局直接从账户划款。
按营业额比例缴税
店铺需要按照每个月营业额的4%到6%缴纳营业税。如果月营业额未达到一定金额，可以申报零纳税或免税。
增值税与营业税
销售商品需缴纳3%的增值税，提供服务的需缴纳5%的营业税。
报核缴与定期定额征收
纳税人需将已算出的应纳税额向税务机关申报，经审批后填发缴款书，由纳税单位向银行纳税。对于营业额和所得收入难以准确计算的个体工商户，可以实行定期定额征收，税务机关会核定一定时期的营业额和所得税附征率。
多种缴税方式
纳税人可以选择线下到税务局或政务服务中心窗口缴纳，或者线上在国家税务局电子税务局官网通过银行卡缴纳。
其他注意事项
公司在领取营业执照后三十日内需向税务机关申报税务登记，并每月报送纳税申报资料，按时足额缴税。
分公司若办理了税务登记，则其为独立的增值税纳税人，应单独申报缴纳增值税。
综上所述，公司门店交税需遵循相关税法规定，根据自身的经营类型和规模选择合适的缴税方式，并按时申报纳税。建议公司在办理税务登记时，详细咨询当地税务机关，以确保合规操作。