办理港澳通行证的程序如下：
准备材料
本人有效的身份证原件及复印件。
户口簿原件及复印件。
近期正面免冠彩色照片若干张（具体数量根据当地要求而定）。
填写完整的《中国公民出入境证件申请表》。
缴纳相关费用（具体费用根据当地规定而定）。
选择申请方式
现场申请：携带上述材料到户籍所在地的出入境管理局或派出所提交申请，并填写相关表格。
在线申请：可以通过微信搜索“移民局12367”小程序，按照提示录入个人信息并进行预约，然后按照预约时间到办证大厅提交材料。
提交申请
在出入境管理局或派出所，按照工作人员的指示提交所有材料，并缴纳相关费用。
如果是首次申请，需要本人亲自办理，不能委托他人代办。
等待审核
提交申请后，需要等待一段时间（一般需要10个工作日，具体时间根据当地规定而定）进行审核。
审核通过后，可以领取《往来港澳通行证》及签注。
领取证件
可以选择亲自到办证大厅领取证件，也可以选择邮寄服务将证件送到指定地址。
注意事项：
港澳通行证的有效期一般为10年，签注的有效期根据签注类型而定，一般为3个月或1年。
如果需要续签，可以在证件到期前携带有效证件到出入境管理局办理续签手续。
不同地区的具体办理流程和所需材料可能会有所不同，建议在办理前提前咨询当地出入境管理局以获取最准确的信息。