1、哺乳期女性
哺乳期的女性服用甲硝唑时，乳汁中药物浓度和血液浓度达到一致。国外认为认为服用甲硝唑的哺乳期女性不用停止哺乳，但国内保持保守的态度。哺乳期的女性只要不是必要情况下，不建议用甲硝唑，若必须用药的话需终止哺乳。
2、孕妇
经过研究发现，腹腔内用药会对胎儿带来不同程度毒性。药物会通过胎盘进入胎儿内循环中。口服用药没有发现任何毒性，但缺少足够的研究证明对胎儿带来的影响程度。所以怀孕前三个月的女性不能用甲硝唑。若必须用的话需听从医生建议，经过医生诊断，看看是否能用药。
3、对药物过敏的人
甲硝唑是硝基咪唑类药物，凡是对此药物过敏的人需及时告诉医生，以免带来不良后果。可以选择同样作用的药物来替代。
4、中枢神经系统疾病和血液疾病患者
甲硝唑可引起抑郁、头痛头晕或癫痫等不良反应。特别是大剂量用甲硝唑，可对中枢神经系统带来毒性作用，如周围神经发生病变和意识错乱。另外，甲硝唑也会减少血液中白细胞和中性细胞数目，导致再生障碍性贫血。
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