三证合一后开票的步骤如下：
给新设立的企业开票
一般情况下，按照18位信用代码作为纳税人识别号开具发票。
某些地方可能会从18位信用代码中取15位作为纳税人识别号，例如厦门自贸区内新办企业。
给纳入“三证合一”范围的存量企业开票
若企业当地暂不需要做税号变更，按照原15位纳税人识别号开具发票。
若企业当地已将18位信用代码作为纳税人识别号，则按照18位信用代码开具发票。
三证合一后，企业通过税控器具应当能够为已取得18位信用代码的客户开具发票 。如果无法开具，企业应立即与税控设备服务商联系，尽快进行系统升级。
企业需要办理以下流程
作废手中全部发票，并保持开票系统联网且数据上传成功。
登录“网上办税服务厅”查询发票结存数量，确保所有发票结存为零。
到办税服务厅纳税申报窗口进行非征期报税。
到办税服务厅金税注销窗口注销税控设备。
到办税服务厅税务登记窗口办理三证合一变更手续。
到一般纳税人资格登记岗办理金税档案维护。
到办税服务厅金税发行窗口重新发行设备。
到办税服务厅发票售卖窗口申领新发票。
银行信息变更，重新签署“税银联网三方协议”。
建议企业在办理三证合一后，及时与当地的税务局或税控设备服务商联系，确保开票系统的顺利升级和操作。