保险从工资中扣除的计算方法如下：
社保费用
养老保险：公司承担20%，个人承担8%。
医疗保险：公司承担8%，个人承担2%。
失业保险：公司承担2%，个人承担1%。
工伤保险：公司承担0.6%，个人不承担。
生育保险：通常由单位缴纳，个人不承担，具体费率因地区而异。
缴费基数通常根据职工上一年度1月至12月的所有工资性收入所得的月平均额来确定，但不得超过当地规定的上限。
公积金费用
单位月缴存额= 缴存基数 × 缴存比例（元以下四舍五入）
个人月缴存额= 缴存基数 × 缴存比例（元以下四舍五入）
合计月缴存额= 单位月缴存额 + 个人月缴存额。
个人所得税费用
应缴纳的个人所得税= （综合所得收入 - 60000元 - 专项扣除 - 附加扣除 - 依法确定的其他扣除）× 适用税率 - 速算扣除数
到手工资= 总工资 - 五险一金 - 应缴纳的个人所得税。
具体计算示例
假设某员工的月工资为5000元，所在城市的社会保险和公积金缴费比例如下：
养老保险：单位20%，个人8%
医疗保险：单位8%，个人2%
失业保险：单位2%，个人1%
工伤保险：单位0.6%
生育保险：单位0.8%
公积金：单位和个人各10%
社保费用计算：
养老保险：5000元 × 20% = 1000元（单位），5000元 × 8% = 400元（个人）
医疗保险：5000元 × 8% = 400元（单位），5000元 × 2% = 100元（个人）
失业保险：5000元 × 2% = 100元（单位），5000元 × 1% = 50元（个人）
工伤保险：5000元 × 0.6% = 30元（单位）
生育保险：5000元 × 0.8% = 40元（单位）
公积金费用计算：
单位月缴存额：5000元 × 10% = 500元
个人月缴存额：5000元 × 10% = 500元
合计月缴存额：500元 + 500元 = 1000元
个人所得税计算：
综合所得收入 = 5000元
专项扣除 = 0元
附加扣除 = 0元
适用税率 = 10%（假设）
速算扣除数 = 2520元
应缴纳的个人所得税 = （5000元 - 60000元 - 0元 - 0元 - 0元） × 10% - 2520元 = -2080元
到手工资计算：
总工资 = 5000元
五险一金 = 1000元（养老） + 400元（医疗） + 100元（失业） + 30元（工伤） + 40元（生育） + 1000元（公积金） = 2570元
应缴纳的个人所得税 = -2080元
到手工资 = 5000元 - 2570元 = 2430元
因此，该员工扣除保险和公积金后的到手工资为2430元。
建议
了解当地政策：不同地区的社保和公积金缴费比例可能有所不同，建议查阅当地政策以获取准确信息。
核实工资基数：确保工资基数正确无误，以免影响社保和公积金的缴纳金额。
保留凭证：保留工资单和相关缴纳凭证，以备后续查询和对账。