科三补考费的缴纳方式如下：
驾校：
初次报名时支付的费用通常包括所有考试费用，包括科目三的补考费。补考时，可能需要向驾校支付额外的培训或教学费用。
考试中心：
有些地区可能要求直接到考试中心或指定窗口缴纳现金。同时，一些地方也提供线上支付的方式，可以通过交通部门的官方网站或者驾校指定的电子支付平台完成。
车管所：
补考费用的一部分由车管所收取，用于驾驶证管理。这部分费用通常由驾校代缴，但考生也可以直接交付给车管所。
线上支付：
通过交管12123手机应用程序进行线上缴纳是一种便捷的方式。首先，进入市交通管理局的考试预约服务系统，录入相关信息后，选择补考费缴纳并进行支付。
建议选择上述方式中的一种进行缴纳，以确保补考费用能够及时、准确地支付。