水果鉴定通常由以下部门负责：
农业局或农业部门：
农业局是负责农业产品检测的主要部门，包括水果的质量鉴定。一些农业大学或科研院校也具备进行水果鉴定的能力。
质量监督检验检疫总局：
该部门负责国家的质量监督和检验检疫工作，包括对水果的质量和安全进行检测。
食品药品监督管理部门：
该部门负责食品的安全监督管理，包括农产品的安全检测，农药残留鉴定等。
卫生防疫站或食品监督站：
这些部门负责食品卫生的监督检查，也可以进行水果的鉴定工作。
市场监督管理部门：
在一些城市，市场监督管理部门负责食品的质量监督和管理，包括水果的质量分级和鉴定。
林业行政部门：
如果涉及到树木的状况、价值、死因等，需要由林业行政部门确认的机构进行鉴定。
专业的鉴定中心：
有些情况下，可能需要委托具有专业资质的第三方鉴定中心进行水果鉴定。
建议根据具体需求和所在地选择合适的部门进行水果鉴定。例如，如果需要官方的质量认证或安全检测，可以选择农业局、质量监督检验检疫总局或食品药品监督管理部门。如果需要更专业的司法鉴定，可以考虑专业的鉴定中心或林业行政部门。