公司申报个人所得税的流程如下：
下载并登录个税客户端
在电子税务局中，通过“代扣代缴个人所得税”模块，选择“个税明细信息上传下载”中的“个税明细下载”功能，下载初始化文件并导入个税客户端。
打开下载的个税客户端，输入客户名称和密码登录到个人所得税申报平台。
人员信息采集
在个税客户端中，点击“人员信息采集”功能。如果员工人数较少，可以直接添加；如果人数较多，可以点击“导入”并下载填写模板后导入。
在人员信息填写状态中，输入员工的名称、身份证号码、手机号码等带“星”符号的部分，填写完整后保存。身份证信息会从待认证变为认证成功，直接进行报送并获取反馈。
填写扣缴所得税报告表
点击“填写扣缴所得税报告表”，选择“正常工资薪金报表”并点击添加报表或导入模板。
在扣缴所得税报告表明细中，填写员工的工资收入、扣缴的五险一金社保款等信息。个税客户端会自动进行税额核算，填写完毕后会出现个人应缴税额。点击保存即可。
申报和缴纳税款
点击“申报报送”功能，上传申报文件并进行申报。申报成功后，系统会提示申报成功。
如果有税额需要交纳，点击“税款缴纳”功能，按照提示完成税款缴纳。缴纳税款后，系统会提示缴款成功。
下载反馈文件
申报成功后，在“个税明细下载”中下载反馈文件并导入个税客户端，以完成整个申报业务。
以上步骤确保了企业能够准确、及时地完成个人所得税的申报工作。申报个税的法律依据主要来源于《个人所得税扣缴申报管理办法》和《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定。